dopo la scomparsa del padre Giacomo e dello zio Girolamo, divenne il capo della bottega Maffei. Fu descritto da un contemporaneo come: “ homo celeberrimo nell'intaglio et stimato da Francesco Maria, Duca d'Urbino per la cui virtù ha fatto esente la sua casa da ogni gabella ” (un uomo famoso per la sua scultura in legno e così stimato per la sua virtù da parte del duca Francesco Maria di Urbino che la sua famiglia è esente da ogni tassa). Oltre al lavoro a Gubbio, ottenne importanti commissioni nelle Marche (Fabriano, Jesi) e a Todi.

Opere - Una delle opere più insigni è il grande Organo della Cattedrale di Gubbio, voluto dal Vescovo Marcello Cervini, futuro Papa Marcello II, intorno alla metà del Cinquecento, commissionato ad un organaro fiammingo e uno dei più famosi nel Centro Italia. Accanto ad esso il Seggio dei Magistrati, in collaborazione con Benedetto Nucci.

Antonio, il più insigne della Famiglia Maffei, lavorò per i Monaci Olivetani di San Pietro in Gubbio e poi in varie cittadine dell’Umbria e delle Marche. Di lui si ricorda il Seggio  Episcopale della Cattedrale di Gubbio, impostato dal padre Giacomo, di cui decorò mirabilmente lo schienale. E’ suo il coro di San Pietro a Perugia. Realizzò anche manufatti più semplici, come stendardi lignei processionali.

Inoltre vanno ricordati l’altare “La Pentecoste” della chiesa di Santo Spirito di Gubbio ora nella locale Pinacoteca (anni Sessanta del Cinquecento); la Cassa d'Organo e  Cantoria  della chiesa di San Patrignano a Fano (1562); il Fonte Battesimale per la Cattedrale di Fabriano (1570).

IL capolavoro più grande è la Cassa d'organo e Cantoria della Chiesa di San Pietro di Gubbio, di gusto manieristico, fatto per stupire e attrarre l’attenzione.

Da ricordare anche la realizzazione di cornici di pregio e i cassoni nuziali, in collaborazione con pittori e ceramisti.

A Gubbio altre opere: due portali pregevoli, della Chiesa della S.S. Trinità e della Chiesa suburbana di Madonna del Ponte; il Tabernacolo per il S.S. Sacramento conservato nella Chiesa di Santa Maria Nuova, proveniente da quella di Sant’ Agostino, realizzato dopo la Controriforma, quando l’esposizione del S.S. Sacramento era importantissima; gli arredi lignei della chiesa suburbana di Santa Maria del Suffragio a San Marco, tra cui la balaustra della controfacciata, forse prima ubicata nella Chiesa di San Pietro; la porta della Sagrestia della Chiesa di San Secondo; la parte superiore della porta lignea di Palazzo Bentivogli (poi Palazzo Barbi).

Altri capolavori sono il Coro della Chiesa di San Fortunato di Todi (1581 – 91) e  la Cassa d'organo e Cantoria della Chiesa di Sant’ Agostino di Gubbio.

Questi pregevoli  lavori, alla cui riscoperta ha notevolmente contribuito il ricercatore eugubino Luigi Bonfatti tra prima e seconda metà dell’Ottocento.  testimoniano la grande importanza della Bottega Maffei  nel panorama dell’Arte del Legno del Cinquecento e la sua  ammirevole vitalità che ci ha tramandato capolavori di assoluto pregio.